水下清理清污时应注意纠偏幅度不宜过大，频率不宜过高。制作底节沉井围堰，浮运至墩位处定位，通过水上起重设备起吊，放入水中浮起，并用导向船和缆绳将其在流水中定位，在向空壁中注水压重下沉并逐层接高压重，同时吸泥下沉。当围堰下沉至岩面时，可以将刃脚与岩面空隙填实，再向空壁中注水压重使其不再悬浮。
水下清理清污是应该注意海流有一定的流向和流速，有的海域还多层流，在这种情况下，海流在不同的深度，有其各自的流向和流速，而且流向和流速随时间的变化而变化。在江、河中，同样也存在着水的流动。须派有经验的潜水员下潜，同时水面应安排有经验的潜水员担任应急救护潜水员。潜水员下潜和上升时必须紧握入水绳，必要时应使用安全钩。在水底时不得离开行动绳。尽量采用水面减压法，减压方案应选用延长方案。
